W nocy z 26 na 27 września 1939 roku powstała w oblężonej Warszawie Służba Zwycięstwu Polski – konspiracyjna organizacja wojskowa, mająca prowadzić walkę przeciw okupantom. 13 listopada 1939 roku została ona przekształcona w Związek Walki Zbrojnej (ZWZ), podlegający rządowi emigracyjnemu. 14 lutego 1942 roku generał Władysław Sikorski przekształcił ZWZ w Armię Krajową (AK). Jej Komendantem Głównym został generał Stefan Rowecki, wybitny teoretyk walk miejskich. Utworzenie AK miało służyć scaleniu wszystkich grup wojskowych w jedną organizację, podległą rządowi RP na uchodźstwie.

Jesienią 1941 roku do ZWZ należało 40 tysięcy żołnierzy, pod koniec 1942 roku AK liczyła ich już około 200 tysięcy. Była największą podziemną armią w okupowanej Europie. Jednakże większość żołnierzy nie przeszła regularnego szkolenia, a w dodatku mieli oni zaledwie 53 tysiące sztuk broni (z czego tylko 6% broni maszynowej).

Główne zadanie Armii Krajowej polegało na gromadzeniu sił do uderzenia w chwili załamania się Niemiec. Akcje zbrojne prowadziły bowiem do okrutnych represji – hitlerowcy rozstrzeliwali kilkudziesięciu Polaków za każdego zabitego Niemca. Dopiero pod koniec 1942 roku AK nasiliła działalność dywersyjną: atakowała niemieckie posterunki, wykolejała transporty wojskowe przeznaczone na front wschodni, wysadzała mosty, odbijała więźniów.

Polska, choć znajdowała się pod okupacją, posiadała legalny i uznawany na Zachodzie rząd emigracyjny. Istniały Polskie Siły Zbrojne na Zachodzie, oraz podziemna Armia Krajowa. W Warszawie przebywał (oczywiście w ukryciu) Delegat Rządu na Kraj w randze wicepremiera. Podlegały mu wydziały: wywiadu, dywersji, oświaty, sądownictwa i polityki. Działały konspiracyjne sądy, których wyroki nie tylko wykonywano, ale też ogłaszano w podziemnej prasie. Ta zaś była fenomenem w okupowanej Europie: ukazywało się około 1400 tytułów (z tego 17 wychodziło przez całą okupację). Istniały czasopisma polityczne, wojskowe, literackie, kobiece, humorystyczne. W podziemnych drukarniach wydawano też książki (Niemcy zezwalali tylko na poradniki, np. ogrodnicze).Na przełomie 1943 na 1944 łączny nakład prasy podziemnej wydawanej przez Tajne Wojskowe Zakłady Wydawnicze – koncern wydawniczo-poligraficzny Armii Krajowej wynosił blisko 250 tysięcy egzemplarzy czasopism, 65.500 broszur i 120 tys. egzemplarzy ulotek. Przez całą okupację działały tajne komplety, tzn. podziemne szkoły. Tajna Organizacja Nauczycielska zapewniała im kadrę oraz przygotowywała i rozprowadzała podręczniki. Na terenie Generalnej Guberni (GG) utworzono prawie 2 tysiące szkół średnich. Podziemne wyższe uczelnie kształciły polonistów, historyków, matematyków, lekarzy. W czasie wojny, studia ukończyło prawie 10 tysięcy studentów.

Ponieważ Niemcy zgodzili się jedynie na działalność podrzędnych teatrzyków i kabaretów (których repertuar miał ogłupiać Polaków), powstały podziemne teatry. W prywatnych mieszkaniach lub piwnicach wystawiano dramaty Słowackiego, Wyspiańskiego, Szekspira. Odbywały się też koncerty i wieczory poetyckie.

Ruch oporu w okupowanej Polsce obejmował prawie wszystkie dziedziny życia. Dlatego tajne struktury podporządkowane rządowi emigracyjnemu nazywano po wojnie Polskim Państwem Podziemnym. Drugiego takiego państwa nie było w całej Europie.

Po upadku powstania warszawskiego stolicą Polskiego Państwa Podziemnego została Częstochowa.